O Conselho Gestor, presidido por um Procurador de Justiça, representante do Ministério Público de Santa Catarina (MPSC), realiza uma reunião mensal na Procuradoria-Geral de Justiça, em Florianópolis, para analisar projetos que buscam financiamento com recursos do Fundo.

O critério de seleção seguido pelos Conselheiros considera projetos que tenham por objetivo:

1. a recuperação do meio ambiente;
2. a prevenção, principalmente pela educação ambiental;
3. a defesa do consumidor;
4. a cidadania;
5. a proteção e a valorização do patrimônio histórico, artístico, estético, turístico e paisagístico, da ordem urbanística, da ordem econômica e do patrimônio público; ou qualquer outro que atenda ao interesse difuso ou coletivo (aqueles que abrangem um número indeterminado de pessoas unidas pelo mesmo fato ou finalidade).